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Volume 31    issue 4  ,  November  2010
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An assessment of proposed DNA barcodes in freshwater green algae
p. 529-555

Abstract

 
The development of DNA barcodes for green algae would aid in their accurate and rapid identification. This is particularly important for the green algae because in many species structural characters are few or difficult to observe. In this study we test the utility of several DNA barcode loci in seven distantly related species groups of freshwater charophytes and chlorophytes. The ITS rDNA and COI markers were the most variable, although COI was least applicable because it was successfully amplified and sequenced in only one test genus. The ITS1 and ITS2 rDNA regions each successfully amplified in only a subset of the charophytes. Both rbcL and tufA were moderately variable, although tufA may pose challenges in some lineages where the gene is encoded in the nucleus. The 18S rDNA and UPA were the least variable loci tested. Of the markers tested, rbcL, ITS2 and tufA (in chlorophytes) are the most promising for use as DNA barcodes. However, none of the loci tested were ideal for use across all tested lineages of green algae because of taxon-specific applicability, because none of the markers could distinguish closely related species in all groups tested, and because of overlap in the level of intraspecific and interspecific variation.

Also available on Connect.barcodeoflife
 
 
18S rDNA / Charophyceae / Chlorophyceae / COI / DNA barcode / Green algae / ITS rDNA / rbcL / tufA / UPA / Zygnematophyceae

Résumé

 

Le développement d'un marqueur code-barres ADN pour les algues vertes améliorerait leur identification fiable et rapide. Cette étape est particulièrement importante pour les algues vertes pour lesquelles les caractères structuraux sont peu nombreux ou difficiles à observer. Dans cette étude nous testons l'efficacité de plusieurs marqueurs de code-barres ADN au sein de sept groupes d'espèces dulçaquicoles, génétiquement distants et appartenant tant aux charophytes et qu'aux chlorophytes. Les marqueurs ITS des ADNr et COI étaient les plus variables, bien que le COI n'ait été amplifiable et séquençable que pour un seul genre teste. Les ITS1 et IITS2 ADNr n'ont été amplifiés avec succès que chez certaine charophytes. La rbcL et le tufA n'étaient que modérément variables, cependant tufA pourrait se révéler problématique dans certains groupes où il serait code par le génome nucléaire. Le 18S ADNr et l'UPA étaient les marqueurs les moins variables testés. Parmi les marqueurs testés, ITS2 et tufA (chez les chlorophytes) sont les marqueurs les plus prometteurs. Cependant, aucun des marqueurs testés s'est avéré le candidat idéal pour développer le code-barres ADN chez les algues vertes car aucun marqueur n'a pu délimiter des espèces proches dans tous les groupes testés, en raison notamment du chevauchement des distances intra et interspécifique.

Également disponible sur Connect.barcodeoflife
 
 
18S rDNA / Algues vertes / Barcode ADN / Charophyceae / Chlorophyceae / COI / ITS rDNA / rbcL / tufA / UPA / Zygnematophyceae

 

 
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