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Volume 31    issue 4  ,  November  2010
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Assessment of five markers as potential barcodes for identifying Sargassum subgenus Sargassum species (Phaeophyceae, Fucales)
p. 467-485

Abstract

 
DNA barcoding has been the focus of numerous publications, but only limited studies are available for marine macroalgae and even less are specific to Phaeophyceae. The case study presented here assesses the potential of five different markers for use as DNA barcodes in the genus Sargassum: the nuclear ITS-2, a portion of the chloroplastic RubisCO operon and a mitochondrial spacer (mtsp), COI and cox3. To assess and compare the identification success of the five markers we used three criteria based on distance methods: Best Match, Best Close Match and All Species Barcodes applied to five datasets representing 13 closely related species of Sargassum subgenus Sargassum. Results demonstrated the inadequacy of ITS-2 and RubisCO as barcode markers while they suggested the potential of the mitochondrial markers. Additional research is needed based on numerically and geographically larger datasets to further assess the identification success of these markers.

Also available on Connect.barcodeoflife
 
 
All Species Barcodes / Barcoding / Best Close Match / Best Match / COI / cox3 / ITS-2 / Mitochondrial spacer / Partial RubisCO operon

Résumé

 

Le barcode ADN fait l'objet de nombreuses études, mais un nombre limité sont disponibles pour des macroalgues marines et moins encore concernent les Phaeophyceae. L'étude de cas, présentée ici, évalue le potentiel de cinq marqueurs comme barcodes ADN pour le genre Sargassum. Il s'agit du marqueur nucléaire ITS-2, une portion de l'opéron chloroplastique RubisCO et des marqueurs mitochondriaux mtsp, COI et cox3. Pour évaluer et comparer le potentiel d'identification des cinq marqueurs, trois critères basés sur des méthodes de distance ont été utilisés: Best Match, Best Close Match et all Species Barcodes appliqués à cinq ensembles de données représentant 13 espèces proches du sous-genre Sargassum. Les résultats ont démontré l'inadéquation de l'ITS-2 et de la RubisCO comme marqueurs barcodes tandis qu'ils soulignent l'intérêt des marqueurs mitochondriaux. Des recherches supplémentaires basées sur de plus grands ensembles (numériques et géographiques) de données sont nécessaires pour évaluer la performance de ces marqueurs dans l'identification des espèces.

Également disponible sur Connect.barcodeoflife
 
 
All Species Barcodes / Barcoding / Best Close Match / Best Match / COI / cox3 / ITS-2 / Mitochondrial spacer / Partial RubisCO operon

 

 
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