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Oxynema, a new genus separated from the genus Phormidium (Cyanophyta)
p. 41-59 |
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Thomrat CHATCHAWAN / Jiří KOMÁREK / Otakar STRUNECKÝ / Jan ŠMARDA / Yuwadee PEERAPORNPISAL |
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Article complet
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| Taxonomic revision of the traditional polyphyletic cyanobacterial genus Phormidium is based on molecular sequencing combined with the definition of distinct, autapomorphic features. Several genera, clearly separated from each other (with genetic similarity lower than 95), were already defined and separated from this widely conceived generic unit (Phormidesmis, Wilmottia and others). All of these new generic taxa are characterized by morphological markers also. We have studied another group of species (mainly the strains from salterns in Thailand), which was classified earlier in the genus Phormidium, but it represents an isolated cluster according to 16S rRNA gene sequencing and is characterized by specific uniform and morphological features. Because this whole group represents a phylogenetically and morphologically distinctly separated cluster (see Phormidium group I sensu Komárek & Anagnostidis 2005), we describe it as a special taxon Oxynema genus novum, in agreement with the Botanical Nomenclatoric Code (ICBN; McNeill & al. ed., 2007). The genetically most related clusters always have genetic similarity less than 93 and differ by distinct autapomorphic features. The filaments of members of Oxynema are cylindrical, narrowed and bent at the ends, commonly attenuated to a terminal elongated, more or less sharply pointed cells without calyptra. Thylakoids in cells are distinctly radially arranged, similarly as in the genera Microcoleus and "Phormidium autumnale"-type. The ecology of all members, which belong potentially to these types, is also similar: all species from this cluster were recorded from halophilic habitats, less frequently from thermal springs and soil biotopes with higher salt contents. |
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Cyanobacteria / Cyanophyta / Ecology / Halophilic habitats / Molecular sequencing / Oxynema gen. novum / Phormidium / Taxonomic revisions |
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Oxynema, un nouveau genre séparé du genre Phormidium (Cyanophyta)
La présente révision taxinomique des cyanobactéries du genre Phormidium s'appuie sur des données de séquences moléculaires du 16S ainsi que sur des caractères morphologiques distinctifs. Plusieurs genres, clairement séparés les uns des autres (avec une similarité génétique inférieure à 95) ont déjà été définit et ségréger de ce complexe Phormidium (Phormidesmis, Wilmottia, etc). Tous ces genres sont aussi définis par des caractères morphologiques. Dans le cadre de la présente étude, nous avons étudié un groupe d'espèces (majoritairement des souches provenant de marais salants Thaïlandais) qui était auparavant classé parmi les Phormidium. Au vu de l'analyse de cluster de l'ARN 16S ce groupe d'espèces représente une lignée isolée qui est caractérisée par des caractères morphologiques distinct (voir le Phormidium groupe I au sens de Komárek & Anagnostidis 2005) et que nous décrivons comme un genre nouveau Oxynema, en concordance avec le code de nomenclature botanique (ICBN; McNeill & al. ed., 2007). Le cluster génétique, le plus proche, présente une similarité de l'ARN 16S inférieure à 93 et diffère par plusieurs caractères autapomorphiques. Les filaments des membres d'Oxynema sont cylindriques, rétrécis et courbes à leurs extrémités et généralement allongés avec des cellules plus ou moins pointues sans calyptra. A l'intérieur des cellules, les thylakoides sont distinctement organises de manière radiales comme dans le genre Microcoleus et le « Phormidium autumnale »-type. L'écologie de tous les membres qui appartiennent potentiellement à ces types est similaire. Toutes les espèces de ce cluster proviennent d'habitats halophyliques et dans une moindre mesure de source thermale et de sol ayant un contenu élevé en sel. |
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Écologie / Cyanobacteria / Cyanophyta / Habitats halophiles / Oxynema gen. novum / Phormidium / Révisions taxonomiques / Séquençage moléculaire |
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